皖南医学院地处素有“长江巨埠、皖之中坚”之称的历史名城——芜湖市，濒临浩瀚长江，汇集江南神秀。学校建于1958年，时为芜湖医学专科学校；1971年并入安徽医学院，为安徽医学院皖南分院；1974年经国务院批准独立建校，命名为皖南医学院；1981年学校获得国务院学位委员会学士学位和硕士学位授予权；1998年一次性通过教育部本科教学工作合格评价；2008年顺利通过教育部本科教学工作水平评估并获优秀等级；2018年顺利通过教育部本科教学工作审核评估。2019年，学校成为安徽省博士学位授权立项建设单位。2020年通过临床医学专业认证，有效期六年。